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鞍带石斑鱼生长性状全基因组关联分析取得进展


国家海水鱼产业技术体系石斑鱼种质资源与品种改良岗位刘晓春研究团队长期开展石斑鱼类杂交育种研究。其中,以分别经2代群体选育的棕点石斑鱼为母本、鞍带石斑鱼为父本,杂交获得的F1代,即“虎龙杂交斑”,经全国水产原种良种审定委员会审定,于2017年获得了水产新品种证书(GS-02-004-2016)。该新品种具有生长快、抗逆性强等优点,推广养殖效益显著。

为了对“虎龙杂交斑”杂交亲本进行进一步筛选和遗传改良,岗位科研人员首次对鞍带石斑鱼生长性状开展全基因组关联分析,发现了与生长性状相关的位点和基因,为阐明鞍带石斑鱼生长复杂遗传结构和开展石斑鱼类分子育种提供了科学依据。
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鞍带石斑鱼是重要的海水养殖鱼类之一,具有重要的经济价值和育种价值。然而,迄今对其生长的遗传调控仍然未知。我们首次对鞍带石斑鱼5个生长性状进行了全基因组关联研究,共鉴定了36个与生长相关的SNPs,其中11个SNPs达到了全基因组显著性水平,这些SNPs解释的表型变异范围为7.09%~18.42%。此外,研究还发现了22个生长性状的数量性状位点(QTLs),其中9个为显著关联的QTLs,13个为潜在显著关联的QTLs。有趣的是,QTL (LG17: 6934451)在体重和体高之间共享,而体长的两个显著QTL (LG7: 22596399和LG15: 11877836)在全基因组水平上与全长的相关区域一致。在显著相关SNPs的±50kb基因组区域内共发现47个基因,根据基因的位置和功能,我们在关联的区域内确定了8个候选基因,并采用荧光定量PCR进行验证。结果表明,PITPNC1、PTPRE、ABHD17C和VEGFAA 4个基因在实验组和对照组中有显著的表达差异,这些基因与鞍带石斑鱼的代谢、发育和应激反应等相关。
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研究成果以“First Genome-wide Association Analysis for Growth Traits in the Largest Coral Reef-Dwelling Bony Fishes, the Giant Grouper (Epinephelus lanceolatus)”为题,于2019年8月7日在
线发表在Marine biotechnology。
论文链接:https://doi.org/10.1007/s10126-019-09916-8。

石斑鱼种质资源与品种改良岗位

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